在“隐秘行动”中将会继续讲述为秘密组织IGI工作的前SAS队员大卫琼斯（David Jones）的故事，游戏的剧情开始于一代游戏结束不久。这次他将会负责调查一起牵涉全球范围的黑市军火交易，新的冒险中玩家将再次随同琼斯一起揭开事实的真相，粉碎敌人的阴谋以及拯救整个世界。